CN. Liên Mỹ Dinh – IVFMD SIH Bệnh viện Phụ sản Quốc tế Sài Gòn
 
Giới thiệu
Việc phát hiện các biến thể số bản sao nhiễm sắc thể (copy number variation - CNV) bằng giải trình tự thế hệ mới (next-generation sequencing – NGS) từ DNA tự do ngoại bào (cell free DNA - cfDNA) trong môi trường nuôi cấy dài ngày (spent culture media - SCM) đã được xác định là một phương pháp xét nghiệm lệch bội NST (PGT-A) thay thế không xâm lấn so với sinh thiết tế bào lá nuôi phôi (TE). Các nghiên cứu đã chứng minh nhiều tỷ lệ phù hợp khác nhau khi so sánh PGT-A của SCM với phân tích TE, có nghiên cứu đã ghi nhận tỷ lệ phù hợp 78% trong 1.108 mẫu. Nguồn gốc của cfDNA trong SCM vẫn cần được nghiên cứu thêm, nhưng các tế bào chết theo chương trình (apoptosis) có thể được xem là một nguồn gốc. Những hạn chế của kỹ thuật PGT- A không xâm lấn (noninvasive PGT-A - niPGT-A) này bao gồm thách thức về sự nhiễm từ tế bào của mẹ và các nguồn ngoại sinh. Tuy nhiên, vì các nhà nghiên cứu đã báo cáo sự phù hợp lớn hơn với bộ gen của khối tế bào bên trong (Inner Cell Mass – ICM) so với PGT-A thông thường, niPGT-A có thể cải thiện khả năng dự đoán tiềm năng của phôi đồng thời giảm thiểu nguy cơ gây hại cho phôi. NiPGT-A là một kỹ thuật đầy hứa hẹn, tuy nhiên, hiện nay vẫn còn thiếu bằng chứng có giá trị dự đoán cho các điểm cuối lâm sàng. Nhiều nghiên cứu đã được tiến hành nhưng lại không dự đoán được dương tính giả và sẽ không chuyển phôi nếu phôi bất thường. Điều đó có thể dẫn đến việc loại bỏ các phôi có tiềm năng làm tổ cao.
 
Một nghiên cứu được thực hiện bởi Tiegs và cộng sự nhằm khảo sát yếu tố tiên lượng về mặt lâm sàng bằng phương pháp PGT-A xâm lấn thiết kế như sau: phôi được lựa chọn để chuyển hoàn toàn dựa trên tiêu chí về hình thái, với kết quả PGT-A chỉ được biết sau khi có kết quả lâm sàng để xác định giá trị tiên lượng dương tính (positive predictive value - PPV).
 
Nghiên cứu này đã thực hiện tương tự Tiegs để khảo sát PPV của CNV trong niPGT-A. Mặc dù các lệch bội toàn bộ NST là mối quan tâm chính, giá trị tiên lượng của CNV cũng đã được phân tích. Ngoài ra, nghiên cứu cũng phân tích niPGT-A của các phôi dư nhằm cung cấp thêm dữ liệu về niPGT-A.
 
Vật liệu và phương pháp
Đối tượng nghiên cứu: phụ nữ ≤ 35 tuổi, có chỉ định ICSI và chuyển đơn phôi đông lạnh (Single Embryo Transfer - SET). Tiêu chí loại là các BN thất bại làm tổ nhiều lần hoặc sẩy thai liên tiếp, chỉ định sinh thiết TE hoặc muốn chuyển nhiều hơn một phôi.
 
Noãn được ICSI và nuôi cấy đến giai đoạn phân chia và môi trường được thay đổi vào ngày thứ 3. Phôi nang được thủy tinh hóa và SCM từ ngày thứ 3 trở đi được thu thập và mã hóa dữ liệu bệnh nhân trước khi chuyển đến phòng thí nghiệm di truyền. Khi bệnh nhân quay lại để SET, việc lựa chọn phôi chuyển sẽ dựa trên hình thái và ngày đông lạnh (ưu tiên phôi nang ngày 5). Sau khi kết quả lâm sàng được xác định, kết quả niPGT-A sẽ được biết. Nếu làm tổ rõ ràng, việc giữ bí mật kết quả sẽ được tiếp tục cho đến cuối tam cá nguyệt đầu tiên.
 
Kết quả
120 BN đã hoàn thành nghiên cứu. Tỷ lệ làm tổ, tỷ lệ thai lâm sàng và tỉ lệ làm tổ duy trì (phôi làm tổ và tiến tới mang thai - Sustained Implantation Rate – SIR) lần lượt là 74,2% (n = 89), 59,2% (n=71) và 53,3% (n=64). Tỷ lệ sẩy thai tự nhiên là 28,0% (n = 25/89), bao gồm 21,3% (n=19) thai sinh hóa và 6,7% (n =6) sẩy thai lâm sàng. Kết quả chu sinh ở 59 BN tại thời điểm phân tích dữ liệu: trung bình cân nặng khi sinh là 3550,2 gram và tuổi thai là 39,3 tuần. Không có dị tật bẩm sinh nào được báo cáo.
 
Diễn giải về hồ sơ NGS như sau: 7,5% (n = 9) không đạt kiểm soát chất lượng; 62,5% (n=75) không phát hiện thấy CNV; và 30% (n=36) phát hiện thấy CNV. Phân tầng hồ sơ NGS bất thường như sau: 15% (n =18) toàn bộ NST và 15% (n=18) URP (Uncertain Reproductive Potential). Một CNV trung gian được phát hiện thấy ở 27,8% (n=5) bất thường toàn bộ NST. Giá trị dự đoán âm tính đối với các mẫu không phát hiện thấy bất thường là 57,3% (43/75). Bất thường toàn bộ NST có liên quan đến PPV là 94,4% (17/18) với tỷ lệ làm tổ duy trì thấp hơn là 5,6% (1/18). Tỷ lệ NST giới tính không bằng nhau cho thấy sự nhiễm từ mẹ là phổ biến. Phân tích mô tả thứ cấp của 705 phôi dư cho thấy số lượng mẫu bất kỳ có phát hiện CNV cao hơn đáng kể ở phôi ngày 6 và ngày 7 so với phôi ngày 5. Tuy nhiên, diễn giải NGS là tương tự nhau về mặt thống kê giữa nhóm phôi được chuyển và nhóm phôi dư được phân tích thứ cấp.
 
Kết luận
Các bất thường CNV được phân loại là URP có PPV thấp là 22,2% (4/18); SIR và rủi ro tương đối (Relative Risk - RR) về mặt thống kê tương tự đối với tình trạng không có khả năng sống (nonviablity) giống như không có những bất thường CNV. Do đó, với quy trình niPGT-A được sử dụng trong nghiên cứu này, rõ ràng là không phải tất cả các bất thường CNV trên hồ sơ NGS đều có khả năng tiên đoán tình trạng phôi không có khả năng sống như nhau.
 
Nguồn gốc của cfDNA trong SCM không chắc chắn, sự hiện diện của CNV trung gian có thể không hoàn toàn tương tự như PGT-A thông thường, nhưng dữ liệu từ nghiên cứu này củng cố quan điểm rằng việc giải thích CNV trung gian của toàn bộ NST trên hồ sơ NGS nên được xem xét kỹ lưỡng và ngưỡng được xác nhận để ngăn ngừa việc loại bỏ phôi có khả năng sống.
 
Nghiên cứu này có các hạn chế như: không có khả năng thu được kết quả thông tin một cách nhất quán từ các mẫu SCM, khả năng nhiễm từ mẹ do sự biểu hiện quá mức 46XX khi phân tích NGS. Ngoài ra, việc loại trừ các BN trên 35 tuổi cũng là một hạn chế của nghiên cứu.
 
Tóm lại, kết quả nghiên cứu độ chính xác tiên lượng này của niPGT-A cho thấy PPV cao khi phát hiện CNV của toàn bộ NST, cho thấy SCM có thể cung cấp nguồn đáng tin cậy để sàng lọc lệch bội. Mặc dù niPGT-A không gây hại trực tiếp cho phôi, nhưng những lo ngại liên quan đến việc loại bỏ phôi ngoài ý muốn do kết quả không đáng tin cậy hoặc dự đoán kém vẫn còn. Cần phải tối ưu hóa các khía cạnh kỹ thuật của niPGT-A (thu thập, xử lý mẫu trước khi phân tích; khuếch đại và giải trình tự DNA; tin sinh học và diễn giải cẩn thận các hồ sơ CNV) trước khi ứng dụng lâm sàng. Cuối cùng, các thử nghiệm ngẫu nhiên có đối chứng là cần thiết để không chỉ xác nhận giá trị tiên đoán của niPGT-A đối với tiềm năng sinh sản của phôi mà còn chứng minh rằng việc sử dụng thực sự sẽ cải thiện kết quả.
 
Nguồn: Nakhuda, G., Rodriguez, S., Tormasi, S., & Welch, C. (2024). A pilot study to investigate the clinically predictive values of copy number variations detected by next-generation sequencing of cell-free deoxyribonucleic acid in spent culture media. Fertility and Sterility, 122(1), 42-51.

Từ khóa: PGT-A không xâm lấn, niPGTA, PGT-A, không chọn lọc, cfDNA